Le linee di ricerca, programmate annualmente dal comitato scientifico e dal consiglio direttivo, hanno l'obiettivo di studiare le musiche di compositori toscani - per nascita o formazione - inserendole nel contesto pił ampio delle relazioni intercorse tra la Toscana ed i maggiori centri dell'Europa musicale.
Attualmente lo staff di Tesori Musicali Toscani sta lavorando sui due seguenti progetti:
- La musica e i musicisti nella Toscana di Pietro Leopoldo: 1767 - 1790
- Niccolò Dôthel e il repertorio per flauto traverso nella Toscana dei Lorena
- Luigi Boccherini: geografia di un musicista europeo (nel bicentenario della morte)
Nei primi due anni di attività, le ricerche si sono incanalate soprattutto verso la figura,
ancora troppo poco nota al grande pubblico, di Antonio Brunelli, compositore toscano vissuto a cavallo tra Cinque e Seicento
e di cui AuserMusici ha inciso i bellissimi Fioretti spirituali.
Altro filone della ricerca storica e musicale è stato quello relativo al genere del 'concerto grosso',
forma musicale tipica del periodo barocco, verso cui mostrarono una particolare attenzione due importanti compositori toscani
come Francesco Barsanti e Francesco Geminiani, le cui opere ebbero un enorme successo in Inghilterra.